Após o sucesso feito pelos jogos da Geração I, os criadores decidiram criar novos jogos Pokémon. Com isto, foram apresentados novos 100 Pokémon e ainda uma nova região. Foi assim que em 1999, Pokémon Gold & Pokémon Silver chegaram ao Japão e serviram como base para o mecanismo dos seguintes, apresentaram a distinção entre machos e fêmeas o que possibilitou o cruzamento de Pokémon.
Ainda trouxeram a transição entre dia e noite, que acabou por ser mais aprofundada apenas a partir dos jogos da Geração IV. Os jogos Gold e Silver foram os mais vendidos no ano 2000 e ainda os mais vendidos de Game Boy Color.
O terceiro jogo da geração é Pokémon Crystal e na capa do jogo é representado pelo Lendário Suicune. Apresentava uma aventura um pouco diferente das outras versões, alguns detalhes novos com mudanças na parte gráfica, animações dos desenhos dos Pokémon ao começarem uma batalha e era o único jogo da Geração II em que havia a possibilidade de conseguir o Lendário Celebi.
Pokémon Gold & Silver
Pokémon Crystal
